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Von DNA bis RNA, NVIDIA Clara™ Parabricks bietet leistungsstarke Beschleunigung für primäre, sekundäre und tertiäre Analysen der Genomdaten. Dabei handelt es sich um eine schlüsselfertige Software, die für lokale Systeme oder Cloud-Systeme in Laboren mit hohem Durchsatz entwickelt wurde, und ein Technologie-Stack, mit dem Entwickler leistungsfähige Berechnungstools für die Genomik erstellen können.
NVIDIA Clara Parabricks-Pipelines basieren auf dem Genome Analysis Toolkit (GATK) des Broad Institute. Clara Parabricks ist eine sofort einsatzbereite, grafikprozessorbeschleunigte Software-Suite für:
DNA-Keimbahn -Variantenbestimmung in der Bevölkerungsgenomik DNA-somatische Variantenbestimmung für Krebsgenomik und tumormutationale Belastung (TMB) RNA-Sequenzierungsprojekte vom Gesamttranskriptom bis zur Einzelzellanalyse DeepVariant von Google, das die Variantenbestimmung mithilfe eines Deep Neural Network ermöglicht
Clara Parabricks-Pipelines sind für Geschwindigkeit, Präzision und Skalierbarkeit optimiert, können GATK4.1 Best Practices ausführen und sind voll konfigurierbar. Somit können Nutzer wählen
Unerreichte Leistung und Durchsatz bei sekundären Analysen
Clara Parabricks-Pipelines werden auf NVIDIA A100 Tensor-Core-GPUs ausgeführt und bieten eine bisher unerreichte Leistung, wodurch die Analysezeit bei DNA-Keimbahn-Variantenbestimmung auf 23 Minuten sinkt. Durch Grafikprozessorbeschleunigung profitieren Nutzer im Vergleich zu rein CPU-basierten Lösungen auch von bis zu 50 Prozent geringeren Cloud-Computing-Kosten.
LEISTUNGSVERGLEICH
Durchgängige sekundäre Keimbahn-Analyse
Die Daten wurden mithilfe öffentlich verfügbarer Daten zu NA 12878 erstellt, die Daten für 30-fache Abdeckung abgewertet Für die Laufzeit von 23 Minuten wurde DGX A100 mit 320 GB Speicher verwendet. Die nativen GATK4.1-Werte wurden mit 32 vCPU [3.1 GHz Intel Xeon® Platinum 8175M] mit 128 GB RAM generiert.
Clara Parabricks-Toolkit
Das NVIDIA Clara Parabricks-Toolkit ist eine Sammlung grafikprozessorbeschleunigter Edge-Bibliotheken, Referenzanwendungen sowie Open-Source-Anwendungen. Es wurde für Entwickler entworfen, die KI-gestützte Workflows für die Genomanalyse erstellen. Mit dem Toolkit können sie die Zuordnung, die Ausrichtung und die Aufbereitung für neue Genomassemblierungen optimieren und die Auflösung einzelliger Epigenomen verbessern.
GRÜNDE FÜR DIE NUTZUNG VON CLARA PARABRICKS-PIPELINES
Einfacher Einstieg
Clara Parabricks-Pipelines lassen sich innerhalb von 10 Minuten einrichten. Sehen Sie sich dieses Schritt-für-Schritt-Anleitungsvideo an und erleben Sie die Analyse mit hohem Durchsatz für DNA- und RNA-Sequenzierungsprojekte. VIDEO ANSEHEN › DOKUMENTATION ANSEHEN
Clara Parabricks-Pipelines liefern Ergebnisse schneller als nicht GPU-beschleunigte Lösungen. Erfahren Sie, wie TGEN mithilfe von Ergebnissen am selben Tag die gesamte Genomsequenz gesunder und kranker Zellen untersucht, um die effektivste Therapie zu bestimmen, die für jeden Patienten individualisiert wird. ERFOLGSGESCHICHTE LESEN ›
Bessere Genomerkenntnisse
Clara Parabricks-Pipelines, die in der Cloud oder lokal ausgeführt werden, können Forschern dabei helfen, virale Pandemien wie COVID-19 schneller zu verstehen – von der Entwicklung des Virus über die menschliche Reaktion bis hin zur menschlichen Anfälligkeit. Erfahren Sie mehr darüber. WEBINAR ANSEHEN
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